贡献#
本项目是一项社区工作,由来自世界各地的大量贡献者共同塑造。有关 scikit-learn 的历史及幕后人员的更多信息,请参阅 关于我们。它托管于 scikit-learn/scikit-learn。scikit-learn 的决策过程和治理结构详见 Scikit-learn 治理与决策。
Scikit-learn 在添加新算法和功能方面持审慎态度。这意味着参与贡献并帮助项目的最佳方式是从已知的议题 (issue) 入手。请参阅 贡献方式 以了解如何进行有意义的贡献。
贡献方式#
向 scikit-learn 贡献的方式有很多种,包括:
在您的博客和文章中引用 scikit-learn,从您的网站链接到它,或者仅仅通过给它加星 (star) 来表示“我正在使用它”;这有助于我们推广该项目
通过提交 议题 (issue) 来报告使用该软件包时遇到的困难,并为您认为相关且他人已报告的议题点“赞”(详情请参阅 提交错误报告或功能请求)
改进 文档
进行代码贡献
即便不编写代码,也有许多贡献方式,我们对这些贡献的重视程度与代码贡献相当。如果您有兴趣进行代码贡献,请记住,scikit-learn 自 2007 年创立以来,已经发展成为一个成熟且复杂的项目。向项目代码库贡献通常需要高级技能,如果您是开源贡献的新手,这可能不是最好的起点。在这种情况下,我们建议您遵循 新贡献者 中的建议。
新贡献者#
我们建议新贡献者从阅读本贡献指南开始,特别是 贡献方式 和 自动化贡献政策。
接下来,我们建议新贡献者通过以下方式获得关于 scikit-learn 和开源的基础知识:
-
确认所报告的问题是否可以复现,并提供 最小可复现代码(如果缺失),这可以帮助您了解不同的用例和用户需求
调查问题的根本原因将有助于您熟悉 scikit-learn 的代码库
审查其他开发者的拉取请求 将帮助您深入了解贡献所要求的规范和质量
改进 文档 可以帮助您加深对模型和函数背后的统计概念以及 scikit-learn API 的理解
如果您在建立基础知识后希望进行代码贡献,我们建议您从自己感兴趣、且作为用户已经熟悉或具备背景知识的领域寻找议题。我们建议从较小的拉取请求开始,并遵循我们的 拉取请求检查清单。有关处理哪些议题和停滞 PR 的礼仪,请阅读 停滞的拉取请求、停滞且无人认领的议题 以及 标记为“需要分类”的议题。
我们很少使用“good first issue”(入门友好议题)标签,因为很难对新贡献者做出预设,而且这些议题往往比最初预期的更复杂。尽管如此,查看是否有 “good first issues” 仍然是有用的,但请注意,根据您的先前经验,解决这些议题可能仍然很耗时。
对于更有经验的 scikit-learn 贡献者,标记为 “Easy”(简单)的议题可能是一个不错的选择。
自动化贡献政策#
向 scikit-learn 贡献需要人类的判断力、对上下文的理解以及对 scikit-learn 结构和目标的熟悉。它不适合由 AI 工具进行自动处理。
请不要提交由全自动化工具生成的议题或拉取请求。维护者保留自行决定关闭此类提交并封禁相关账户的权利。
在以您的名义提交之前,请审查 AI 工具所做的所有代码或文档更改,确保您理解所有更改,并能在被要求时做出解释。不要提交您自己未亲自审查、理解和测试过的任何 AI 生成的代码,因为这会浪费维护者的时间。
请不要在议题、PR 的描述或评论中粘贴 AI 生成的文本,因为这会增加审阅者评估您贡献的难度。如果使用 AI 工具来改进语法,或者如果您不是母语为英语的人,我们欢迎使用。
如果您使用了 AI 工具,请在您的 PR 描述中说明。
看起来违反此政策的 PR 将在不经过审查的情况下被关闭。
提交错误报告或功能请求#
我们使用 GitHub Issues 来追踪所有错误和功能请求;如果您发现了错误或希望看到某个功能的实现,请随时开设一个议题。
如果您在使用此软件包时遇到问题,请随时向 Bug 追踪器 提交工单。也欢迎提交功能请求或拉取请求。
建议在提交之前检查您的议题是否符合以下规则:
如果您正在提交算法或功能请求,请验证该算法是否符合我们的 新算法要求。
如果您正在提交错误报告,我们强烈建议您遵循 如何编写高质量的错误报告 中的准则。
当功能请求涉及 API 原则的变更、依赖项变更或支持的版本变更时,必须有 SLEP 作为支撑,且必须作为拉取请求提交给 增强提案 (enhancement proposals),使用 SLEP 模板,并遵循 Scikit-learn 治理与决策 中概述的决策过程。
如何编写高质量的错误报告#
当您向 GitHub 提交议题时,请尽最大努力遵循这些准则!这将使我们更容易为您提供有效的反馈。
理想的错误报告包含一段 简短的可复现代码片段,这样任何人都可以轻松尝试复现该错误。如果您的代码片段超过 50 行,请提供指向 Gist 或 GitHub 仓库的链接。
如果无法包含可复现的代码片段,请明确说明涉及的 估计器 (estimators) 和/或函数以及数据的形状。
如果引发了异常,请 提供完整的追踪信息 (traceback)。
请包含您的 操作系统类型和版本号,以及您的 Python、scikit-learn、numpy 和 scipy 版本。这些信息可以通过运行以下命令获取:
python -c "import sklearn; sklearn.show_versions()"请确保所有 代码片段和错误消息都格式化在适当的代码块中。有关详细信息,请参阅 创建和高亮显示代码块。
请明确说明 此问题如何以 scikit-learn 用户的身份影响您。提供一些关于您如何使用 scikit-learn 以及为什么需要解决此问题的详细信息(一小段),将有助于项目维护者将时间和精力投入到真正影响用户的问题上。
请告知我们,一旦项目维护者完成分类,您是否有兴趣发起 PR 来解决您的问题。
请注意,scikit-learn 的追踪器会收到一些 日常报告,来自那些主要对增加贡献统计数据感兴趣、而对贡献的预期终端用户影响几乎不在意的 GitHub 账户。作为项目维护者,我们希望能够评估我们的工作是否会对我们的终端用户产生有意义且积极的影响。因此,我们请您避免为那些您实际上并不关心的事情开设议题。
如果您想帮助整理议题,请阅读 漏洞分类与议题整理。
贡献代码和文档#
向 scikit-learn 贡献的首选方式是 fork GitHub 上的 主仓库,然后提交一个“拉取请求”(PR)。
要开始,您需要:
如果您想贡献 文档,在提交 PR 之前,请确保您能够 在本地构建文档。
注意
为避免重复工作,强烈建议您在 议题追踪器 和 PR 列表 中进行搜索。如果对重复工作有疑问,或者如果您想处理一个非平凡的功能,建议首先在 议题追踪器 中开设一个议题,以获取核心开发人员的反馈。
寻找议题的一个简单方法是在搜索时应用“help wanted”标签。这会列出所有尚未认领的议题。如果您想处理这样的议题,请留下一条评论,说明您计划如何处理它,并开始着手工作。如果过去 2-3 周内已经有人表示他们将处理该议题,请让他们完成工作,否则请将其视为停滞状态并接手。
为了维护代码库的质量并简化审查过程,任何贡献都必须符合项目的 编码规范,特别是:
不要修改不相关的行,以保持 PR 专注于描述或议题中说明的范围。
仅编写有价值的内联注释,避免陈述显而易见的事实:解释“为什么”而不是“是什么”。
最重要的一点:不要贡献您不理解的代码。
开发工作流#
接下来的步骤描述了修改代码和提交 PR 的过程:
将您的
main分支与upstream/main分支同步,更多详情请见 GitHub 文档git checkout main git fetch upstream git merge upstream/main
创建一个功能分支来存放您的开发更改
git checkout -b my_feature并开始进行更改。始终使用功能分支。不在
main分支上进行工作是一种良好的实践!在您的计算机上的功能分支上开发该功能,使用 Git 进行版本控制。编辑完成后,使用
git add添加已更改的文件,然后使用git commit进行提交git add modified_files git commit
注意
pre-commit 可能会在您执行
git commit时自动重新格式化您的代码。发生这种情况时,您需要再次执行git add,然后再次执行git commit。在极少数情况下,您可能需要手动修复问题,利用错误消息弄清楚需要更改什么,并使用git add后接git commit,直到提交成功为止。然后使用以下命令将更改推送到您的 GitHub 账户:
git push -u origin my_feature遵循 这些 说明从您的 fork 创建一个拉取请求。这会向潜在的审阅者发送通知。如果您的拉取请求在几天后仍未受到关注,您可以考虑在 discord 的开发频道中发送一条消息以提高可见度(但不保证立即回复)。
保持您的本地功能分支与 scikit-learn 主仓库的最新更改同步通常很有帮助
git fetch upstream
git merge upstream/main
随后,您可能需要解决冲突。您可以参考 关于使用命令行解决合并冲突的 Git 文档。
拉取请求检查清单#
在 PR 被合并之前,它需要得到两名核心开发人员的批准。一项不完整的贡献(即您预计在获得全面审查之前还需要做更多工作)应被标记为 草稿拉取请求 (draft pull request),并在成熟后更改为“准备好审查”(ready for review)。草稿 PR 对以下情况很有用:表明您正在进行某项工作以避免重复劳动、请求对功能或 API 进行广泛审查,或寻求合作者。草稿 PR 通常受益于在 PR 描述中包含 任务列表。
为了简化审查过程,我们建议您的贡献在将 PR 标记为“准备好审查”之前符合以下规则。加粗的项目尤为重要:
为您的拉取请求提供一个有用的标题,总结您的贡献所做的工作。一旦合并,此标题通常会成为提交消息,因此它应该为后人总结您的贡献。在某些情况下,“Fix <ISSUE TITLE>”就足够了。“Fix #<ISSUE NUMBER>”永远不是一个好的标题。
拉取请求预期应解决一个或多个议题。请 不要为标记为“需要分类”的议题(参见 标记为“需要分类”的议题)或带有其他类型“需要...”标签的议题开设 PR。请不要为以下议题开设 PR:
讨论尚未达成明确决议计划,
报告者已经表示有兴趣开设 PR,
已经存在交叉引用的活跃 PR。
如果合并您的拉取请求意味着其他一些议题/PR 应该被关闭,您应该 使用关键词创建指向它们的链接(例如,
Fixes #1234;只要每个议题/PR 前都有关键词,就允许包含多个)。合并后,这些议题/PR 将由 GitHub 自动关闭。如果您的拉取请求仅与某些其他议题/PR 相关,或者它仅部分解决了目标议题,请在不使用关键词的情况下创建指向它们的链接(例如,Towards #1234)。确保您的代码通过了测试。可以使用
pytest运行整个测试套件,但这通常不推荐,因为它需要很长时间。通常只运行与您的更改相关的测试就足够了:例如,如果您修改了sklearn/linear_model/_logistic.py中的内容,运行以下命令通常就足够了:pytest sklearn/linear_model/_logistic.py以确保 doctest 示例正确pytest sklearn/linear_model/tests/test_logistic.py以运行特定于该文件的测试pytest sklearn/linear_model以测试整个linear_model模块pytest doc/modules/linear_model.rst以确保用户指南示例正确。pytest sklearn/tests/test_common.py -k LogisticRegression以运行我们所有的估计器检查(特别是针对LogisticRegression,如果您更改的就是该估计器)。
可能还有其他失败的测试,但它们会被 CI 捕获,所以您不需要在本地运行整个测试套件。有关如何高效使用
pytest的指南,请参阅 有用的 pytest 别名和标志。确保您的代码有适当的注释和文档,并 确保文档渲染正确。要构建文档,请参阅我们的 文档 指南。CI 也将构建文档:请参阅 GitHub Actions 上的生成文档。
测试是接受增强功能的必要条件。错误修复或新功能应附带非回归测试。这些测试验证修复或功能的正确行为。通过这种方式,可以保证代码库上的进一步修改与预期的行为一致。对于错误修复,在 PR 时,非回归测试在
main分支的代码库上应该失败,而在 PR 代码上应该通过。如果您的 PR 可能会影响用户,您需要添加一个描述您 PR 更改的变更日志条目。有关更多详细信息,请参阅 README。
遵循 编码规范。
在适用时,使用
sklearn.utils模块中的验证工具和脚本。开发人员可用的实用程序例程列表可以在 开发人员实用工具 页面找到。PR 通常应通过性能和效率的基准测试(参见 监控性能)或通过使用示例来证实更改。示例还向用户阐明了库的功能和复杂性。查看 examples/ 目录中的其他示例作为参考。示例应演示新功能在实践中为何有用,如果可能,将其与 scikit-learn 中可用的其他方法进行比较。
新功能有一些维护开销。我们希望 PR 作者至少在最初阶段能参与他们提交的代码的维护。新功能需要通过用户指南中的叙述性文档和小型代码片段进行说明。如果相关,也请添加文献引用,并在可能的情况下提供 PDF 链接。
用户指南还应包括算法的预期时间和空间复杂度以及可扩展性,例如“该算法可以扩展到大量样本 > 100000,但在维度上不可扩展:预计
n_features小于 100”。
您还可以查看我们的 代码审查指南 以了解审阅者会期待什么。
您可以使用以下工具检查常见的编程错误:
代码应具有良好的单元测试覆盖率(至少 80%,最好是 100%),请通过以下方式检查:
pip install pytest pytest-cov pytest --cov sklearn path/to/tests
另请参阅 测试和改进测试覆盖率。
使用
mypy运行静态分析mypy sklearn这不得在您的拉取请求中产生新的错误。在少数不支持的特殊情况下,使用
# type: ignore注解可以作为一种变通方法,特别是:导入 C 或 Cython 模块时,
在带有装饰器的属性上。
对于包含性能分析(带基准脚本和性能分析输出)的贡献,会有额外加分(参见 监控性能)。此外,请查看 如何优化速度 指南,了解有关性能分析和 Cython 优化的更多详细信息。
注意
当前的 scikit-learn 代码库并非完全符合所有这些准则,但我们期望在所有新贡献中强制执行这些约束,将使整体代码库质量朝着正确的方向发展。
另请参阅
对于两份记录非常详尽且更深入的开发工作流指南,请访问 Scipy 开发工作流 和 Astropy 开发者工作流 部分。
持续集成 (CI)#
Github Actions 用于各种任务,包括在 Linux、Mac 和 Windows 上测试 scikit-learn,使用不同的依赖项和设置,构建 wheel 和源代码分发包。
CircleCI 用于构建文档以供查看。
提交消息标记#
请注意,如果最新提交消息中出现以下标记之一,将采取相应的操作。
提交消息标记 |
CI 采取的操作 |
|---|---|
[ci skip] |
完全跳过 CI |
[cd build] |
运行 CD(构建 wheel 和源代码分发包) |
[scipy-dev] |
使用我们的依赖项(numpy, scipy 等)的开发版本进行构建和测试 |
[free-threaded] |
使用 CPython 3.14 自由线程模式进行构建和测试 |
[pyodide] |
使用 Pyodide 进行构建和测试 |
[float32] |
通过设置 |
[all random seeds] |
使用 |
[doc skip] |
不构建文档 |
[doc quick] |
构建文档,但不包含示例库绘图 |
[doc build] |
构建文档,包括示例库绘图(非常耗时) |
请注意,默认情况下会构建文档,但仅执行拉取请求直接修改的示例。
解决锁文件中的冲突#
这是一个有助于解决环境和锁文件中冲突的 bash 代码片段:
# pull latest upstream/main
git pull upstream main --no-rebase
# resolve conflicts - keeping the upstream/main version for specific files
git checkout --theirs build_tools/*/*.lock build_tools/*/*environment.yml \
build_tools/*/*lock.txt build_tools/*/*requirements.txt
git add build_tools/*/*.lock build_tools/*/*environment.yml \
build_tools/*/*lock.txt build_tools/*/*requirements.txt
git merge --continue
这会将 upstream/main 合并到我们的分支中,自动优先处理冲突环境和锁文件的 upstream/main(这已经足够好,因为我们之后会重新生成锁文件)。
请注意,这仅修复了环境和锁文件中的冲突,您可能还需要解决其他冲突。
最后,我们必须通过运行以下命令为 CI 重新生成环境和锁文件:
python build_tools/update_environments_and_lock_files.py
停滞的拉取请求#
由于贡献一个功能可能是一个漫长的过程,一些拉取请求看起来不活跃但未完成。在这种情况下,接手它们是对项目的一大贡献。接手的一个良好礼仪是:
确定 PR 是否停滞
如果该 PR 已被识别为其他贡献者的候选,则拉取请求可能带有“stalled”(停滞)或“help wanted”(寻求帮助)标签。
要决定一个不活跃的 PR 是否停滞,请询问贡献者他/她是否计划在不久的将来继续处理该 PR。如果 2 周内未收到推动 PR 前进的回复,则表明该 PR 已停滞,并将导致该 PR 被标记为“help wanted”。
请注意,如果 PR 此前收到的贡献意见在 1 个月内没有回复,则可以安全地假设该 PR 已停滞,并将等待时间缩短至一天。
在冲刺 (sprint) 结束后,针对冲刺期间开设的未合并 PR 的后续行动将传达给冲刺参与者,这些 PR 将被标记为“sprint”。带有“sprint”标签的 PR 可以由冲刺负责人重新分配或宣布停滞。
接手停滞的 PR:要接手 PR,重要的是在停滞的 PR 上评论说您正在接手,并从新 PR 链接到旧 PR。新 PR 应通过拉取旧 PR 的内容来创建。
停滞且无人认领的议题#
通常来说,待领取的议题会有一个 “help wanted” 标签。然而,并非所有需要贡献者的议题都有此标签,因为“help wanted”标签并不总是能反映议题的最新状态。贡献者可以使用以下指南找到仍然可以领取的议题:
标记为“需要分类”的议题#
“Needs Triage”(需要分类)标签意味着该议题尚未确认或未被完全理解。它向 scikit-learn 成员发出信号,要求澄清问题、讨论范围并决定后续步骤。欢迎您加入讨论,但根据我们的 行为准则,请在移除“Needs Triage”标签、达成解决问题的明确共识以及获得关于如何解决的一些指导之前,不要开设 PR。
视频资源#
这些视频是关于如何向 scikit-learn 贡献的逐步介绍,是文本指南的绝佳补充。请务必阅读我们的指南,因为它们描述了我们最新的工作流。
注意
2021 年 1 月,scikit-learn GitHub 仓库的默认分支名称从 master 更改为 main,以使用更具包容性的术语。这些视频是在分支重命名之前创建的。对于正在观看这些视频以设置工作环境并提交 PR 的贡献者,应将 master 替换为 main。
文档#
我们欢迎对文档进行深入的贡献,并乐于审查以下领域的补充内容:
函数/方法/类文档字符串: 也称为“API 文档”,它们描述对象的功能,并详细说明任何参数、属性和方法。文档字符串与代码一起存放在 sklearn/ 中,并根据 doc/api_reference.py 生成。要添加、更新、删除或弃用 API 参考 中列出的公共 API,这是需要查看的地方。
用户指南: 这些提供了有关 scikit-learn 中实现的算法的更详细信息,通常位于根 doc/ 目录和 doc/modules/ 中。
示例: 这些提供完整的代码示例,可以演示 scikit-learn 模块的使用、比较不同的算法或讨论其解释等。示例位于 examples/ 中。
其他 reStructuredText 文档: 这些提供了各种其他有用的信息(例如 贡献 pandas 指南)并位于 doc/ 中。
编写文档字符串的准则#
您可以使用
pytest测试文档字符串,例如假设RandomForestClassifier文档字符串已被修改,以下命令将测试其文档字符串合规性:pytest --doctest-modules sklearn/ensemble/_forest.py -k RandomForestClassifier各部分的正确顺序为:Parameters(参数)、Returns(返回)、See Also(另请参阅)、Notes(注意)、Examples(示例)。有关其他可能部分的详细信息,请参阅 numpydoc 文档。
记录参数和属性时,以下是一些格式良好的示例列表:
n_clusters : int, default=3 The number of clusters detected by the algorithm. some_param : {"hello", "goodbye"}, bool or int, default=True The parameter description goes here, which can be either a string literal (either `hello` or `goodbye`), a bool, or an int. The default value is True. array_parameter : {array-like, sparse matrix} of shape (n_samples, n_features) \ or (n_samples,) This parameter accepts data in either of the mentioned forms, with one of the mentioned shapes. The default value is `np.ones(shape=(n_samples,))`. list_param : list of int typed_ndarray : ndarray of shape (n_samples,), dtype=np.int32 sample_weight : array-like of shape (n_samples,), default=None multioutput_array : ndarray of shape (n_samples, n_classes) or list of such arrays通常请记住以下几点:
使用 Python 基本类型。(使用
bool而不是boolean)使用圆括号定义形状:
array-like of shape (n_samples,)或array-like of shape (n_samples, n_features)对于有多个选项的字符串,使用方括号:
input: {'log', 'squared', 'multinomial'}1D 或 2D 数据可以是
{array-like, ndarray, sparse matrix, dataframe}的子集。请注意,array-like也可以是list,而ndarray明确仅指numpy.ndarray。当使用“frame-like”功能(例如列名)时,请指定
dataframe。指定列表的数据类型时,使用
of作为分隔符:list of int。当参数支持给出形状和/或数据类型详细信息的数组以及此类数组的列表时,您可以使用array-like of shape (n_samples,) or list of such arrays之一。指定 ndarray 的 dtype 时,在定义形状后使用例如
dtype=np.int32:ndarray of shape (n_samples,), dtype=np.int32。您可以将多个 dtype 指定为集合:array-like of shape (n_samples,), dtype={np.float64, np.float32}。如果想提到任意精度,请使用integral和floating,而不是 Python 的 dtypeint和float。当同时支持int和floating时,无需指定 dtype。当默认值为
None时,只需在末尾使用default=None指定即可。请务必在文档字符串中包含该参数或属性为None的含义。
在文档字符串中添加“See Also”以链接到相关的类/函数。
文档字符串中的“See Also”每条引用应占一行,带冒号和说明,例如:
See Also -------- SelectKBest : Select features based on the k highest scores. SelectFpr : Select features based on a false positive rate test.
“Notes”(注意)部分是可选的。它旨在提供有关函数/类/类方法/方法特定行为的信息。
Note也可以添加到属性中,但在这种情况下,需要使用.. rubric:: Note指令。在“Example”部分添加一两个代码 片段,以展示其用法。代码应开箱即用,即应包含所有必要的导入。请尽量保持此部分简短。
编写用户指南和其他 reStructuredText 文档的准则#
在数学和算法细节之间保持良好的平衡,并让读者直观地了解算法的作用,这一点很重要。
从对算法/代码在数据上做什么的简明、直观的解释开始。
突出该功能的有用性和推荐应用。如果可用,考虑包含算法的复杂度 (\(O\left(g\left(n\right)\right)\)),因为“经验法则”非常依赖于机器。仅当这些复杂度不可用时,才可以提供经验法则。
整合一个相关图表(从示例中生成)以提供直观感。
包含一两个短代码示例来演示该功能的用法。
引入任何必要的数学方程,后接引用。通过推迟数学方面的内容,文档对那些主要想了解该功能实际影响而不是底层机制的用户来说变得更易于访问。
在编辑 reStructuredText (
.rst) 文件时,尽量将行长度保持在 88 个字符以下(例外情况包括链接和表格)。在 scikit-learn 的 reStructuredText 文件中,包围文本的单反引号和双反引号都将渲染为内联字面量(通常用于代码,例如
list)。这是由于我们设置了特定的配置。现在应使用单反引号。过多的信息使用户难以获取他们感兴趣的内容。使用下拉菜单来分解它,使用以下语法:
.. dropdown:: Dropdown title Dropdown content.
上面的代码片段将产生以下下拉菜单:
下拉菜单标题#
下拉内容。
可以使用下拉菜单默认隐藏的信息有:
低层级部分,例如
References(参考文献)、Properties(属性)等(例如请参阅 检测错误权衡 (DET) 中的小节);深入的数学细节;
特定用例的叙述;
总的来说,那些可能只对想要超越给定工具实用性本身的用户感兴趣的叙述。
不要对低级别的
Examples部分使用下拉菜单,因为它应该对所有用户保持可见。确保Examples部分紧接在主要讨论之后,中间折叠的部分越少越好。请注意,下拉菜单会破坏交叉引用。如果合理,请将引用与提到它的文本一起隐藏。否则,请勿使用下拉菜单。
编写参考文献的准则#
当文献引用有 arxiv 或 数字对象标识符 (DOI) 识别号时,请使用 sphinx 指令
:arxiv:或:doi:。例如,请参见 谱聚类图 中的引用。对于文档字符串中的“References”部分,请参见
sklearn.metrics.silhouette_score作为示例。要交叉引用 scikit-learn 文档中的其他页面,请使用 reStructuredText 交叉引用语法:
Section(章节): 要链接到文档中的任意章节,请使用参考标签(请参见 Sphinx 文档)。例如:
.. _my-section: My section ---------- This is the text of the section. To refer to itself use :ref:`my-section`.
您不应该修改现有的 sphinx 参考标签,因为这会破坏指向 scikit-learn 文档特定章节的现有交叉引用和外部链接。
Glossary(术语表): 链接到 常用术语和 API 元素术语表 中的术语。
:term:`cross_validation`
Function(函数): 要链接到函数的文档,请使用该函数的完整导入路径。
:func:`~sklearn.model_selection.cross_val_score`
但是,如果文档中您上方有
.. currentmodule::指令,则只需使用指定当前模块后的函数路径即可。例如:.. currentmodule:: sklearn.model_selection :func:`cross_val_score`
Class(类): 要链接到类的文档,请使用类的完整导入路径,除非文档中上方有
.. currentmodule::指令(参见上文)。:class:`~sklearn.preprocessing.StandardScaler`
您可以使用任何文本编辑器编辑文档,然后按照 构建文档 生成 HTML 输出。生成的 HTML 文件将放置在 _build/html/ 中,并可在网络浏览器中查看,例如通过打开本地的 _build/html/index.html 文件或运行本地服务器。
python -m http.server -d _build/html
构建文档#
在提交拉取请求之前,请检查您的修改是否引入了新的 sphinx 警告,方法是在本地构建文档并尝试修复它们。
首先,确保您已 正确安装 了开发版本。最重要的是,构建文档需要安装一些额外的软件包。
pip install sphinx sphinx-gallery numpydoc matplotlib Pillow pandas \
polars scikit-image packaging seaborn sphinx-prompt \
sphinxext-opengraph sphinx-copybutton plotly pooch \
pydata-sphinx-theme sphinxcontrib-sass sphinx-design \
sphinx-remove-toctrees
要构建文档,您需要位于 doc 文件夹中。
cd doc
在绝大多数情况下,您只需生成不带示例库的网站即可:
make
文档将在 _build/html/stable 目录中生成,并在网络浏览器中查看,例如通过打开本地的 _build/html/stable/index.html 文件。要同时生成示例库,您可以使用:
make html
这将运行所有示例,需要一些时间。您还可以根据文件名仅运行几个示例。以下是运行所有文件名包含 plot_calibration 的示例的方法:
EXAMPLES_PATTERN="plot_calibration" make html
对于更高级的用例,您可以使用正则表达式。
如果您打算在离线设置下查看文档,请设置环境变量 NO_MATHJAX=1。要构建 PDF 手册,请运行:
make latexpdf
Sphinx 版本
虽然我们尽力确保文档在尽可能多的 Sphinx 版本下构建,但不同版本往往表现略有不同。为了获得最佳结果,您应该使用我们在 CircleCI 上使用的相同版本。请查看此 GitHub 搜索 以获取确切版本。
GitHub Actions 上的生成文档#
当您在拉取请求中更改文档时,GitHub Actions 会自动对其进行构建。要查看 GitHub Actions 生成的文档,只需转到 PR 页面的底部,查找“Check the rendered docs here!”项目,然后单击其旁边的“details”。
测试和改进测试覆盖率#
高质量的 单元测试 是 scikit-learn 开发过程的基石。为此,我们使用 pytest 软件包。测试是位于 tests 子目录中的恰当命名的函数,它们检查算法的有效性和代码的不同选项。
在文件夹中运行 pytest 将运行相应子包的所有测试。有关更详细的 pytest 工作流,请参阅 拉取请求检查清单。
我们期望新功能的代码覆盖率至少在 90% 左右。
监控性能#
本节深受 pandas 文档 的启发。
在提出对现有代码库的更改时,确保它们不会引入性能回归非常重要。Scikit-learn 使用 asv 基准测试 来监控一些常用估计器和功能的性能。您可以在 scikit-learn 基准测试页面 上查看这些基准测试。相应的基准测试套件可以在 asv_benchmarks/ 目录中找到。
要使用 asv 的所有功能,您需要 conda 或 virtualenv。有关更多详细信息,请查看 asv 安装网页。
首先,您需要安装 asv 的开发版本:
pip install git+https://github.com/airspeed-velocity/asv
并将目录更改为 asv_benchmarks/
cd asv_benchmarks
基准测试套件配置为针对您的 scikit-learn 本地克隆运行。请确保它是最新的。
git fetch upstream
在基准测试套件中,基准测试按照与 scikit-learn 相同的结构进行组织。例如,您可以比较特定估计器在 upstream/main 和您正在工作的分支之间的性能:
asv continuous -b LogisticRegression upstream/main HEAD
默认情况下,该命令使用 conda 创建基准测试环境。如果您想改用 virtualenv,请使用 -E 标志。
asv continuous -E virtualenv -b LogisticRegression upstream/main HEAD
您还可以指定整个模块进行基准测试:
asv continuous -b linear_model upstream/main HEAD
您可以将 HEAD 替换为任何本地分支。默认情况下,它只会报告性能变化至少 10% 的基准测试。您可以使用 -f 标志控制此比例。
要运行完整的基准测试套件,只需删除 -b 标志:
asv continuous upstream/main HEAD
然而,这可能需要长达两个小时的时间。-b 标志也接受正则表达式,以运行更复杂的基准测试子集。
要运行基准测试而不与另一个分支进行比较,请使用 run 命令:
asv run -b linear_model HEAD^!
您还可以使用当前 Python 环境中已经安装的 scikit-learn 版本运行基准测试套件:
asv run --python=same
当您以可编辑模式安装 scikit-learn 以避免每次运行基准测试时都创建新环境时,这特别有用。默认情况下,使用现有安装时不会保存结果。要保存结果,必须指定提交哈希:
asv run --python=same --set-commit-hash=<commit hash>
基准测试按机器、环境和提交进行保存和组织。要查看所有已保存基准测试的列表:
asv show
要查看特定运行的报告:
asv show <commit hash>
在为您工作的拉取请求运行基准测试时,请在 github 上报告结果。
基准测试套件支持其他可配置选项,可以在 benchmarks/config.json 配置文件中进行设置。例如,基准测试可以针对 n_jobs 参数提供的参数值列表运行。
有关如何编写基准测试以及如何使用 asv 的更多信息,可以在 asv 文档 中找到。
维护向后兼容性#
弃用#
如果任何公开可访问的类、函数、方法、属性或参数被重命名,我们仍会为两个版本提供支持,并在调用、传递或访问它们时发出弃用警告。
弃用类或函数
假设函数 zero_one 被重命名为 zero_one_loss,我们将装饰器 utils.deprecated 添加到 zero_one,并从该函数中调用 zero_one_loss。
from sklearn.utils import deprecated
def zero_one_loss(y_true, y_pred, normalize=True):
# actual implementation
pass
@deprecated(
"Function `zero_one` was renamed to `zero_one_loss` in 0.13 and will be "
"removed in 0.15. Default behavior is changed from `normalize=False` to "
"`normalize=True`"
)
def zero_one(y_true, y_pred, normalize=False):
return zero_one_loss(y_true, y_pred, normalize)
还需要在 doc/api_reference.py 文件中将 zero_one 从 API_REFERENCE 移动到 DEPRECATED_API_REFERENCE,并将 zero_one_loss 添加到 API_REFERENCE,以反映 API 参考 中的更改。
弃用属性或方法
如果一个属性或方法要被弃用,请在属性上使用装饰器 deprecated。请注意,deprecated 装饰器应放置在 property 装饰器之前(如果有),以便文档字符串可以正确渲染。例如,将属性 labels_ 重命名为 classes_ 可以这样做:
@deprecated(
"Attribute `labels_` was deprecated in 0.13 and will be removed in 0.15. Use "
"`classes_` instead"
)
@property
def labels_(self):
return self.classes_
弃用参数
如果必须弃用某个参数,则必须手动引发 FutureWarning 警告。在以下示例中,k 被弃用并重命名为 n_clusters:
import warnings
def example_function(n_clusters=8, k="deprecated"):
if k != "deprecated":
warnings.warn(
"`k` was renamed to `n_clusters` in 0.13 and will be removed in 0.15",
FutureWarning,
)
n_clusters = k
当更改发生在类中时,我们在 fit 方法中进行验证并发出警告。
import warnings
class ExampleEstimator(BaseEstimator):
def __init__(self, n_clusters=8, k='deprecated'):
self.n_clusters = n_clusters
self.k = k
def fit(self, X, y):
if self.k != "deprecated":
warnings.warn(
"`k` was renamed to `n_clusters` in 0.13 and will be removed in 0.15.",
FutureWarning,
)
self._n_clusters = self.k
else:
self._n_clusters = self.n_clusters
如这些示例所示,警告信息应始终同时提供弃用发生的版本以及旧行为被移除的版本。如果弃用发生在 0.x-dev 版本,则信息应说明弃用发生在 0.x 版本,且移除将在 0.(x+2) 版本进行,以便用户有足够的时间使他们的代码适应新的行为。例如,如果弃用发生在 0.18-dev 版本,则信息应说明它发生在 0.18 版本,且旧行为将在 0.20 版本被移除。
警告信息还应包含对该更改的简要说明,并向用户指出替代方案。
此外,应在文档字符串(docstring)中添加弃用说明,重申上述弃用警告中的相同信息。请使用 .. deprecated:: 指令。
.. deprecated:: 0.13
``k`` was renamed to ``n_clusters`` in version 0.13 and will be removed
in 0.15.
更重要的是,弃用需要一个测试,以确保在相关情况下会发出警告,而在其他情况下则不会。警告应在所有其他测试中被捕获(例如使用 @pytest.mark.filterwarnings),并且在示例中不应有警告。
更改参数的默认值#
如果需要更改参数的默认值,请将默认值替换为特定值(例如 "warn"),并在用户使用默认值时引发 FutureWarning。以下示例假设当前版本为 0.20,我们将 n_clusters 的默认值从 5(0.20 版本的旧默认值)更改为 10(0.22 版本的新默认值)。
import warnings
def example_function(n_clusters="warn"):
if n_clusters == "warn":
warnings.warn(
"The default value of `n_clusters` will change from 5 to 10 in 0.22.",
FutureWarning,
)
n_clusters = 5
当更改发生在类中时,我们在 fit 方法中进行验证并发出警告。
import warnings
class ExampleEstimator:
def __init__(self, n_clusters="warn"):
self.n_clusters = n_clusters
def fit(self, X, y):
if self.n_clusters == "warn":
warnings.warn(
"The default value of `n_clusters` will change from 5 to 10 in 0.22.",
FutureWarning,
)
self._n_clusters = 5
与弃用类似,警告信息应始终同时提供更改发生的版本以及旧行为被移除的版本。
文档字符串中的参数描述需要相应更新,通过添加一个带有旧默认值和新默认值的 versionchanged 指令,指出更改生效的版本。
.. versionchanged:: 0.22
The default value for `n_clusters` will change from 5 to 10 in version 0.22.
最后,我们需要一个测试,以确保在相关情况下会发出警告,而在其他情况下则不会。警告应在所有其他测试中被捕获(例如使用 @pytest.mark.filterwarnings),并且在示例中不应有警告。
代码审查指南#
审查作为 PR 贡献给项目的代码是 scikit-learn 开发的重要组成部分。我们鼓励任何人开始审查其他开发者的代码。代码审查过程对所有参与者来说通常都具有很高的教育意义。如果你希望使用某个特性,审查该特性的 PR 并对其是否满足你的需求提出批评性意见会特别有价值。虽然每个拉取请求(pull request)都需要由两名核心开发人员签核,但提供你的反馈可以加快这一进程。
注意
客观改进与主观吹毛求疵之间的区别并不总是那么清晰。审查者应记住,代码审查主要是为了降低项目风险。在审查代码时,目标应是防止出现可能需要修复漏洞、弃用或撤回的情况。关于文档:拼写错误、语法问题和歧义消除最好立即解决。
任何代码审查中都应涵盖的重要方面#
以下是任何代码审查中都需要涵盖的一些重要方面,从宏观问题到更详细的检查清单。
我们希望在库中加入这个功能吗?它会被使用吗?作为 scikit-learn 用户,你喜欢这个更改并打算使用它吗?它在 scikit-learn 的范畴内吗?维护一个新功能的成本是否值得其带来的好处?
代码是否与 scikit-learn 的 API 一致?公共函数/类/参数的命名是否恰当且设计是否直观?
所有公共函数/类及其参数、返回类型和存储属性是否都按照 scikit-learn 的约定命名并进行了清晰的记录?
任何新功能是否都在用户指南中进行了描述并附有示例说明?
每个公共函数/类是否都经过了测试?是否测试了一组合理的参数、其值、值类型及其组合?测试是否验证了代码的正确性,即它是否执行了文档所描述的功能?如果更改是错误修复,是否包含了非回归测试?这些测试验证了修复或功能的正确行为。通过这种方式,可以确保对代码库的后续修改与预期的行为保持一致。对于错误修复,在提交 PR 时,非回归测试应在
main分支的代码库中失败,而在 PR 代码中通过。测试是否在持续集成构建中通过?如果合适,帮助贡献者了解测试失败的原因。
测试是否覆盖了每一行代码(查看构建日志中的覆盖率报告)?如果不是,缺漏覆盖的行是否有正当理由?
代码是否易于阅读且没有冗余?变量名是否应该为了清晰或一致性而改进?是否应该添加注释?是否应该删除无益或无关的注释?
代码是否可以轻松重写,以便在相关设置下运行得更高效?
代码是否向后兼容之前的版本?(或者是否有必要进行弃用周期?)
新代码是否会增加对其他库的依赖?(这通常不太可能被接受)
文档呈现是否正常(有关详细信息,请参阅 文档 部分),并且绘图是否有启发性?
审查标准回复 包含了一些审查者可能会用到的高频评论。
沟通指南#
审查开放的拉取请求(PR)有助于推动项目向前发展。这是熟悉代码库的好方法,也应该能激励贡献者继续参与项目。[1]
每一个 PR,无论好坏,都是一种慷慨的行为。以积极的评论作为开场白将帮助作者感到受到肯定,随后的意见也可能更容易被听取。你自己也会感觉更好。
如果可能,从大的问题开始,这样作者就知道他们已经被理解了。抵制立即逐行审查或从小的、普遍的问题开始的冲动。
不要让完美成为优秀的敌人。如果你发现自己提出了许多不属于 代码审查指南 的小建议,请考虑以下方法:
避免提交这些建议;
将它们标记为“Nit”(小瑕疵),以便贡献者知道不处理也是没问题的;
在后续的 PR 中跟进;出于礼貌,你可能希望告知原始贡献者。
不要着急,花时间把你的评论表达清楚并证明你的建议是有道理的。
你是项目的门面。每个人都会有状态不好的时候,在那时你值得休息一下:试着花点时间离线休息。
阅读现有代码库#
阅读和消化现有代码库总是一项艰巨的练习,需要时间和经验才能掌握。尽管我们通常尽量编写简单的代码,但考虑到项目的庞大规模,初看时理解代码可能会感到不知所措。以下是一些可以让这项任务更轻松、更快速的提示(顺序不分先后)。
熟悉 scikit-learn 对象的 API:理解 fit、predict、transform 等的用途。
在深入阅读函数/类的代码之前,先通读文档字符串,尝试了解每个参数/属性的作用。停下一分钟思考一下“如果必须由我来做,我会怎么做?”也会有所帮助。
最棘手的事情通常是识别代码的哪些部分是相关的,哪些不是。在 scikit-learn 中,**大量**的输入检查是在进行的,特别是在 fit 方法的开头。有时,只有极小一部分代码在执行实际工作。例如,查看
LinearRegression的fit方法,你寻找的可能只是对scipy.linalg.lstsq的调用,但它被埋在多行输入检查和对不同类型参数的处理中。由于使用了 继承,某些方法可能在父类中实现。所有估计器至少继承自
BaseEstimator以及一个Mixin类(例如ClassifierMixin),该类根据估计器的性质(分类器、回归器、转换器等)启用默认行为。有时,阅读给定函数的测试会让你了解其预期用途。你可以使用
git grep(见下文)查找为某个函数编写的所有测试。特定函数/类的大多数测试都放置在模块的tests/文件夹下。你经常会看到类似这样的代码:
out = Parallel(...)(delayed(some_function)(param) for param in some_iterable)。这使用 Joblib 并行运行some_function。out是一个可迭代对象,包含some_function每次调用返回的值。我们使用 Cython 来编写高性能代码。Cython 代码位于
.pyx和.pxd文件中。Cython 代码具有更偏向 C 的风格:我们使用指针、手动执行内存分配等。在这里拥有一些 C / C++ 的最基本经验几乎是必需的。更多信息请参阅 Cython 最佳实践、约定和知识。掌握你的工具。
配置
git blame以忽略将代码样式迁移到black然后迁移到ruff的提交。git config blame.ignoreRevsFile .git-blame-ignore-revs在 black 的 关于避免破坏 git blame 的文档 中查找更多信息。