在硬币图像上演示结构化 Ward 层次聚类#

使用 Ward 层次聚类计算二维图像的分割。为了使每个分割区域成为一个整体，聚类在空间上受到约束。

# Author : Vincent Michel, 2010
#          Alexandre Gramfort, 2011
# License: BSD 3 clause

生成数据#

from skimage.data import coins

orig_coins = coins()

将其调整为原始大小的 20% 以加快处理速度。在缩小之前应用高斯滤波器可以减少混叠伪影。

import numpy as np
from scipy.ndimage import gaussian_filter
from skimage.transform import rescale

smoothened_coins = gaussian_filter(orig_coins, sigma=2)
rescaled_coins = rescale(
    smoothened_coins,
    0.2,
    mode="reflect",
    anti_aliasing=False,
)

X = np.reshape(rescaled_coins, (-1, 1))

定义数据的结构#

像素与其相邻像素相连。

from sklearn.feature_extraction.image import grid_to_graph

connectivity = grid_to_graph(*rescaled_coins.shape)

计算聚类#

import time as time

from sklearn.cluster import AgglomerativeClustering

print("Compute structured hierarchical clustering...")
st = time.time()
n_clusters = 27  # number of regions
ward = AgglomerativeClustering(
    n_clusters=n_clusters, linkage="ward", connectivity=connectivity
)
ward.fit(X)
label = np.reshape(ward.labels_, rescaled_coins.shape)
print(f"Elapsed time: {time.time() - st:.3f}s")
print(f"Number of pixels: {label.size}")
print(f"Number of clusters: {np.unique(label).size}")

Compute structured hierarchical clustering...
Elapsed time: 0.207s
Number of pixels: 4697
Number of clusters: 27

在图像上绘制结果#

凝聚层次聚类能够分割每个硬币，但是我们必须使用一个 n_cluster 大于硬币的数量，因为分割正在找到背景中的一个大块。

import matplotlib.pyplot as plt

plt.figure(figsize=(5, 5))
plt.imshow(rescaled_coins, cmap=plt.cm.gray)
for l in range(n_clusters):
    plt.contour(
        label == l,
        colors=[
            plt.cm.nipy_spectral(l / float(n_clusters)),
        ],
    )
plt.axis("off")
plt.show()

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